18 czerwca 1945. W Moskwie rozpoczyna się proces 16 przywódców Polskiego Państwa Podziemnego. Teraz oskarżono ich o współpracę z Niemcami i dywersję na szkodę Armii Czerwonej.
W lutym 1945 r. na konferencji w Jałcie zapadły decyzje, mające przesądzać późniejszy los Polski. „Wielka trójka” - Franklin D. Roosevelt, Winston Churchill i Józef Stalin - zadecydowała o pozostawieniu naszego kraju w sowieckiej strefie wpływów, utracie Kresów.
W jałtańskich postanowieniach była jednak zostawiona nuta nadziei na zachowanie resztek suwerenności - Polacy mieli sami zadecydować w wolnych wyborach, kto obejmie władzę i określi ustrój Polski. Ustalono, że powstanie Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej (TRJN), mający teoretycznie łączyć dwie strony politycznego sporu. Niestety, o głównej stronie, czyli legalnym Rządzie RP na Uchodźstwie, zapomniano. TRJN miał powstać na bazie podporządkowanego Moskwie Rządu Tymczasowego, stanowiącego kontynuację PKWN, jedynie z dołączeniem „przywódców demokratycznych z samej Polski i od Polaków z zagranicy”. Najbardziej uprawnieni do reprezentowania Polaków w kraju byli przywódcy Państwa Podziemnego.
W tym czasie kierownictwo struktur podziemnych przebywało w okolicach zrujnowanej Warszawy - w Milanówku, Podkowie Leśnej, czy Brwinowie. Delegaturą Rządu na Kraj kierował Jan Stanisław Jankowski, posiadający od stycznia 1944 r. rangę wicepremiera Rządu RP na Uchodźstwie, a pracom podziemnego quasi-parlamentu, czyli Rady Jedności Narodowej, przewodził Kazimierz Pużak. W kontakcie z nimi pozostawał gen. Leopold Okulicki, ostatni komendant rozwiązanej w styczniu 1945 r. AK. Na początku marca 1945 r., do Okulickiego oraz Jankowskiego dotarły poufnie listy podpisane przez płk. Pimienowa. Przedstawiając się jako reprezentant generała-pułkownika Iwanowa, zapraszał przywódców Polskiego Państwa Podziemnego na rozmowy. Gen. Iwanow nie istniał - ukrywał się pod tym mianem Iwan Sierow z NKWD.
Sondujące spotkania Jankowskiego oraz przedstawicieli partii politycznych z Pimienowem osłabiły ostrożność. Pomimo obaw, najmocniej artykułowanych przez Okulickiego, zgodzono się na dalsze rozmowy. 27 marca do willi w Pruszkowie przyjechali Jankowski, Pużak oraz Okulicki. Mimo protestów aresztowano ich i następnego dnia samolotem zabrano do stolicy ZSRS. Dzień później, 28 marca, pozostała część delegacji Polskiego Państwa Podziemnego stawiła się w Pruszkowie. Wkrótce też trafili na Łubiankę.
Zatrzymani działacze stanowili ścisłe kierownictwo polskiej konspiracji. Oprócz Okulickiego, Jankowskiego i Pużaka aresztowano trzech zastępców Delegata: Adama Bienia ze Stronnictwa Ludowego (SL), Antoniego Pajdaka z Polskiej Partii Socjalistycznej (PPS) i Stanisława Jasiukowicza ze Stronnictwa Narodowego (SN). Zatrzymano zastępców Pużaka z RJN, Kazimierza Bagińskiego z SL i Aleksandra Zwierzyńskiego z SN, oraz pięciu członków Rady: Eugeniusza Czarnowskiego ze Zjednoczenia Demokratycznego (ZD), Stanisława Mierzwę z SL, Franciszka Urbańskiego i Józefa Chacińskiego z SP oraz Kazimierza Kobylańskiego z SN. Grono szesnastu dopełniali wiceprzewodniczący ZD Stanisław Michałowski, Zbigniew Stypułkowski z SN oraz członek urzędnik Delegatury Józef Stemler.
Byli to nie tylko członkowie najważniejszych organów podziemnego państwa, ale też czołowi działacze najważniejszych polskich partii politycznych. Reprezentowali całe spektrum polskiej sceny politycznej, od socjalistów i lewicowych demokratów po chadeków i narodowców. Nikt w kraju nie miał mocniejszego mandatu, żeby wypowiadać się w imieniu społeczeństwa.
Po aresztowaniu rozpoczęło się śledztwo. Więźniowe przebywali w pełnej izolacji. Nie torturowano ich, ale wzywano na kilkugodzinne, nocne przesłuchania. Niektórzy byli przesłuchiwani po 120-140 razy.
Proces rozpoczął się 18 czerwca. Najpoważniejsze zarzuty stawiano Okulickiemu i Jankowskiemu, oraz jego zastępcom Bieniowi i Jasiukowiczowi. Zarzucano im, że na tyłach Armii Czerwonej tworzyli tajną organizację, działającą przeciwko ZSRS, dokonującą aktów terroru i realizującą antysowiecką propagandę. Okulickiego oskarżano dodatkowo o prowadzenie pracy szpiegowskiej i zachowanie, wbrew decyzji o rozwiązaniu AK, kadr akowskich w postaci organizacji NIE, z którą miał się rzekomo szykować do zbrojnego wystąpienia przeciwko ZSRS „w bloku z Niemcami”.
W trakcie procesu najgodniejszą postawę zachowali Okulicki, Pużak oraz Stypułkowski. Okulicki w swoim wystąpieniu stwierdził m.in., że proces ma charakter wybitnie polityczny. „Oskarżacie nas o współpracę z Niemcami mówił godząc w nasz honor. Oskarżając 300 tys. żołnierzy AK, oskarżacie cały naród polski”. Według obecnego na rozprawie korespondenta „Daily Express” po przemówieniu Okulickiego na sali panowała przez kilka minut cisza. Pozostali oskarżeni, wymęczeni głodem, brakiem snu i wielogodzinnymi śledztwami, znając surowość sowieckiego wymiaru sprawiedliwości, nie zachowali tyle hartu.
Na zakończenie procesu generalny prokurator wojskowy ZSRS Nikołaj Afanasjew podsumował sprawę: „To nie są działacze polityczni, lecz zbrodnicza spółka. To organizatorzy zabójstw i dywersji, to spiskowcy, to oszczercy i prowokatorzy, to podli oszuści i złośliwi gwałciciele praw o ochronie tyłów Armii Czerwonej”.
Wyrok ogłoszono 21 czerwca, o godz. 4.30. Okulicki został skazany na 10 lat więzienia, Jankowski na 8, a jego zastępcy Bień i Jasiukowicz na 5 lat więzienia. Pajdak w momencie procesu był chory, skazany został osobno później, również na 5 lat. Michałowskiego, Kobylańskiego i Stemlera uniewinniono, a pozostałych skazano na kary od 4 miesięcy do półtora roku więzienia. Oskarżeni w różny sposób przyjęli wyrok. Wg pracownika brytyjskiej ambasady George’a Bolsovera po zakończeniu procesu „Uśmiechnięty Okulicki szedł z podniesioną głową i jako ostatni zniknął z pola widzenia”.
Jak na realia stalinowskiego wymiaru sprawiedliwości nie były to wysokie wyroki. Dla Sowietów ważniejszy był propagandowy wymiar procesu. Wielu zostało jednak poddanych karze surowszej, niż ta ogłoszona przez sąd. Trzech spośród szesnastu - w tym dwóch najważniejszych, Jankowski i Okulicki - nigdy już nie opuściło sowieckich więzień. Najprawdopodobniej zostali zamordowani. Ostatni komendant AK zginął w niewyjaśnionych okolicznościach 24 grudnia 1946 r. w więzieniu na Butyrkach. Delegat Rządu na Kraj zginął 13 marca 1953 r. w więzieniu we Włodzimierzu nad Klaźmą, na dwa tygodnie przed końcem zasądzonej kary. Na miesiąc przed Okulickim, 22 października 1946 r., na Butyrkach zginął Stanisław Jasiukowicz.
Spośród tych, którzy wrócili żywi do Polski, sześciu ponownie trafiło do więzienia. Pużak został aresztowany w 1947 r. i skazany na 10 lat w procesie pokazowym PPS. Zginął w trakcie odbywania kary w więzieniu we Wronkach, zepchnięty ze schodów. Działacz PSL Bagiński został aresztowany w 1946 r. i skazany na 8 lat więzienia; szczęśliwie objęty amnestią, po zwolnieniu uciekł za granicę. Mniej szczęścia miał jego partyjny kolega Mierzwa, który został skazany w 1947 r. w procesie WiN i PSL na 10 lat więzienia. Wyrok zapadł już po tym, jak Mierzwa został wybrany na posła do Sejmu Ustawodawczego. Zwolniono go w 1953 r. Kobylański został aresztowany w 1947 r. i skazany na 8 lat więzienia. Siedział do 1954 r. Michałowskiego aresztowano w 1948 r. za rzekomy sabotaż i skazano na 9 lat więzienia, z czego 4 odsiedział.
Proces szesnastu spełnił dla Sowietów kilka zadań. Był propagandowym atakiem na Rząd RP na Uchodźstwie, pozbawiał Polaków złudzeń co do gotowości bronienia ich interesów przez USA i Wielką Brytanię. Uniemożliwiał w końcu przedstawicielom Polskiego Państwa Podziemnego udział w negocjacjach na temat powstania TRJN, stanowiąc jednocześnie czynnik nacisku na dopuszczonych przez Sowietów uczestników tych rozmów.
Dokładnie w trakcie procesu, od 17 do 21 czerwca, toczyły się bowiem w Moskwie negocjacje na temat powstania TRJN, z udziałem polskich komunistów oraz wybranych przedstawicieli innych stronnictw, w tym byłego premiera Rządu RP na Uchodźstwie Stanisława Mikołajczyka. To w trakcie tych rozmów padły słynne słowa Władysława Gomułki „Władzy raz zdobytej nie oddamy nigdy”.
Szczególnie surowo oceniał postawę Mikołajczyka m.in. emigracyjny historyk Władysław Pobóg-Malinowski pisząc, że „w milczeniu patrzył, jak sowiecki sąd oskarża i skazuje ludzi, z którymi on, Mikołajczyk, jako minister i premier, współdziałał najściślej w ciągu kilku lat i którzy w działaniu podziemnym stosowali się do jego poleceń i wykonywali jego instrukcje”. Mikołajczyk sądził, że teraz on współtworząc TRJN i walcząc o zwycięstwo w przewidzianych wyborach może uratować niezależność Polski. Przeliczył się, a półtora roku później tylko ucieczka z kraju uratowała go przed procesem podobnym do tego, jaki był udziałem szesnastu.